什么是荧光定量PCR、数字PCR?
一、技术篇 |
在全球医疗器械行业中,体外诊断是占比最高的细分领域之一,根据诊断原理的不同,体外诊断产品分为分子诊断、免疫诊断、生化诊断等多种类型。其中,分子诊断的灵敏度、特异性、准确性等均较为突出,尤其是在新冠肺炎疫情全球蔓延的大背景下,以PCR为代表的分子诊断技术得到了加速发展。
PCR,即聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction)的英文缩写,是一种以DNA双链复制原理为基础,对特定核酸样本进行体外扩增的生物技术,能够将微量的核酸样本迅速拷贝至几百万倍,便于后续的分析研究。该技术源起于20世纪70、80年代,经过几十年的发展,经历了初代传统PCR、第二代荧光定量PCR和第三代数字PCR的演变,在医疗筛查诊断、生命科学基础研究、法医分析鉴定及食品卫生和环境检测等方面得到广泛应用。
1.荧光定量PCR
实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR)技术,简称qPCR,是在PCR反应体系中加入荧光物质(荧光染料或荧光标记的特异性探针),利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程,后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。
与普通PCR相比,实时荧光定量PCR技术是一次由定性技术向定量技术的飞跃。运用该项技术,可以对DNA、RNA样品进行相对定量、定量和定性分析。
(图:荧光定量PCR实验过程) |
2.数字PCR
数字PCR即Digital PCR(dPCR),它是一种核酸分子绝对定量技术。相较于qPCR,数字PCR可让你能够直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的绝对定量。PCR实际上是一个在模板DNA、引物(模板片段两端的已知序列)和四种脱氧核苷酸等存在的情况下,DNA聚合酶依赖的酶促合成反应,扩增的特异性取决于引物与模板DNA的特异结合。
(图:数字PCR技术原理) |
根据微反应单元的不同形式,数字PCR产品可分为微板式、微滴式和芯片式等。目前,市场上主要的数字PCR产品主要是基于微滴式和芯片式。
三代核酸检测技术对比:
技术方法 | 概念 | 技术优势 | 技术劣势 |
传统PCR | 采用普通PCR扩增仪扩增靶基因,通过琼脂糖凝胶电泳对产物进行定性分析 | 1.可实现特定核酸片段的体外复制 | 1.相关核酸染料对操作人员和环境具有危害 2.易出现假阳性结果 3.耗时时间长、操作复杂 4.无法准确定量 |
荧光定量PCR | 是一种在DNA扩增反应中,以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应(PCR)循环后产物总量的方法。通过内参或者外参法对待测样品中的特定DNA序列进行定量分析。 | 1.污染风险低 2.操作流程更简单、经济高效 3.样品加样量少 | 1.不同厂家生产的试剂和设备之间的差异对检测结果影响较大,不具备可比性 2.存在背景值的影响,结果易产生偏差 3.低拷贝的DNA难以检测 4.受PCR抑制物的影响较大 |
数字PCR | 将核酸样品分配到大量独立、平行的微反应单元(纳升级)中,部分反应单元包含靶标分子(阳性),而其他不包含(阴性),接着进行扩增,并利用TaqMan化学试剂或染料标记探针检测靶标序列,能够实现靶标分子的绝对计数。 | 1.特异性强、灵敏度高 2.绝对定量,准确性好 3.抗干扰能力强 | 1.特异性强、灵敏度高 2.绝对定量,准确性好 3.抗干扰能力强 |
一、光学原理解决方案篇 |
1.荧光定量PCR
(图:荧光定量PCR光路图) |
(图:荧光定量PCR光谱) |
解决方案一:
荧光通道 | 激发波长 | 发射波长 | 二向色镜 | 技术参数 | ||
Atto425 | Ex 430/10 | Em 480/10 | \ | 设计波段 | 300-1100nm@OD6 | |
FAM | Ex 470/10 | Em 515/10 | \ | 中心波长误差 | ±2nm | |
HEX | Ex 535/10 | Em 565/10 | \ | 半带宽 | 10±2nm | |
ROX | Ex 585/10 | Em 614/10 | \ | 实现方式 | 单片 / 胶合 | |
CY5 | Ex 630/10 | Em 670/10 | \ | 镀膜工艺 | 磁控溅射 / 真空镀膜 | |
CY5.5 | Ex 682/10 | Em 725/10 | \ | 峰值透过率 | >85% |
解决方案二:
荧光通道 | 激发波长 | 发射波长 | 二向色镜 | 技术参数 | ||
FAM | Ex 470/30 | Em 520/20 | 505二向色镜 | 设计波段 | 300-1100nm@OD6 | |
HEX | Ex 530/20 | Em 565/20 | 550二向色镜 | 中心波长误差 | ±3nm | |
ROX | Ex 570/20 | Em 615/20 | 590二向色镜 | 半带宽 | 30±3nm、20±2nm | |
CY5 | Ex 630/20 | Em 675/20 | 647二向色镜 | 实现方式 | 单片 / 胶合 | |
镀膜工艺 | 磁控溅射 / 真空镀膜 | |||||
峰值透过率 | >90% |
2.数字PCR
(图:数字PCR光路图) | (图:数字PCR光谱) |
解决方案:
荧光通道 | 激发波长 | 发射波长 | 二向色镜 | 技术参数 | ||
FAM | Ex 488/20 | Em 527/20 | 505二向色镜 | 设计波段 | 300-1100nm@OD6 | |
HEX | Ex 527/20 | Em 567/15 | 550二向色镜 | 中心波长误差 | ±2nm | |
ROX | Ex 572/28 | Em 615/24 | 590二向色镜 | 半带宽 | 20±2nm | |
CY5 | Ex 625/26 | Em 661/11 | 647二向色镜 | 实现方式 | 单片 / 胶合 | |
镀膜工艺 | 磁控溅射 / 真空镀膜 | |||||
峰值透过率 | >90% |